种蛋的质量直接影响孵化率和雏鸡的品质，种蛋质量差还会影响雏鸡的成活率和健康状况。因此种蛋入孵前必须进行严格选择。
1、种蛋来源。为保证较高的受精率以及孵化率，种蛋必须来自配偶比例适当、健康无病、饲养管理正确且高产的良种场。
2、种蛋要新鲜。用来孵化的种蛋越新鲜越好。随着保存时间的延长，种蛋孵化率会逐渐降低。种蛋不能用水洗，水洗可使鸡蛋表面胶质脱落，导致微生物入侵而变质，并且蛋内水分也易蒸发。
3、种蛋大小。要选择大小合适的种蛋，过大或过小的蛋都不能用。一般蛋用型鸡种蛋重：开产后的前12周为52克，以后为55克以上;肉用型鸡种蛋重：前12周50克，12周后为52克以上，蛋用型和肉用型种蛋都不宜超过65克。
4、形状正常。正常鸡蛋为卵圆形，蛋形指数一般为0.72-0.76。形状不规整的鸡蛋不能选做种蛋，比如鸡蛋过长、过圆、两头尖、中间大或一头特大一头特小等情况。
5、内部品质要好。种蛋内部可用灯光照射检查，应淘汰粘壳、散黄、蛋黄流动性大以及蛋内有气泡、气室偏、气室流动、气室在中间或在小头的蛋。
6、蛋的剖检。每批还应随机抽出几个种蛋进行剖检，将鸡蛋打开并放入平玻璃容器中，新鲜的蛋白较浓，蛋黄隆起，不新鲜的蛋白稀薄，蛋黄一般都会比较扁平。
鸡种蛋由种鸡舍或蛋库送入孵室入孵前，应进行预热，防止蛋壳表面凝结水汽而降低孵化率。凝结水汽易使细菌等微生物粘附在蛋上，并增加鸡蛋受污染的风险。种蛋需按要求码放在孵化盘中，再尽快送入孵化机中孵化，种蛋在盘中应大头朝上放置。如果同一台孵化机中同时孵有多批种蛋，应在每次码蛋时在蛋盘上做好明显标记以防出错。种蛋装入孵化机后，还需按每立方米高锰酸钾14g加甲醛28g密闭熏蒸消毒20分钟。
