门诊结算：农牧民持卡到医疗定点单位进行门诊就诊登记，经门诊医生诊断后对其开据新农合门诊处方，农牧民到收费处持新农合医疗卡进行结算，结算窗口医务人员现场告知结算补偿情况，补偿后剩余金额由农牧民个人付费。
住院结算：
一、住院登记。参保患者（指参加新农合保险的人员）在定点医院诊治后，确需住院治疗的，凭本人新农合医保卡（身份证或户口薄），办理往院登记手续，定点医院审核参保患者的证件、参保缴费情况，按医院规定缴纳押金后办理参保患者住院手续，并上传至新农合信息系统。
二、住院治疗。定点医院对进行联网结算的参保患者进行挂账治疗，按日上传参保患者的住院费用明细。参保患者出院或医疗终结时，结清个人应自费和自付费用。定点医院将费用结算信息上传至新农合信息系统。
三、费用清算。各定点医院每月25日前通过信息系统提交上月在本院实施了联网即时结算的清算申请，并将参保人上月住院人员的汇总单和相关结算资料（结算单、发票、疾病诊断书、身份证复印件等）提交到当地新农合管理中心。
医院新农合核算流程
你住院前，医生会主动找你，你拿着身份证，拿着户口本，拿着农合本，去找医生也行。医生给你备注登记，出院后，先结账，拿着结账单到农合窗口报销即可。
