《史记》经过司马迁外孙杨恽的努力，才开始流传，但到东汉时已经有了残缺。
今本《史记》一百三十卷，篇数跟司马迁自序所说的相符。但《汉书·司马迁传》说其中“十篇缺，有录无书”。三国魏张晏注：“迁没之后，亡景纪、武纪、礼书、乐书、兵书(即律书)、汉兴以来将相年表、日者传、三王余篇”，班固在《汉书·艺文志》中著录冯商所续《史记》七篇刘知几认为续补《史记》的不只是褚、冯两家，而有十五家之多。
《史记》有两部，一部在司马迁的工作场所(宫廷)副本在家中。在汉宣帝时期，司马迁的外孙杨恽开始把该书内容向社会传播，但是篇幅流传不多，很快就因为杨恽遇害中止。
《史记》成书后，由于它被指责为对抗汉代正宗思想的异端代表，因此，在两汉时，《史记》一直被视为离经叛道的“谤书”，不但得不到应有的公正评价，而且当时学者也不敢为之作注释。
在西汉即使诸侯都没有全版的《太史公书》，东平王曾向朝廷要求赏赐宫廷中的《太史公书》也遭到拒绝。因为《史记》中有大量宫廷秘事，西汉严禁泄露宫廷语，因此只有宫廷人员才能接触到该书。汉宣帝时褚少孙在宫廷中阅读该书，其中已经有些篇幅不对宫廷官员开放，到班固父子时，宣称缺少了十篇，班固家被皇室赐予《太史公书》副本，其中也少了十篇。
司马迁创作的《史记》比较广泛地传播流行，大约是在东汉中期以后。东汉朝廷也曾下诏删节和续补《史记》。《后汉书·杨终传》云，杨终“受诏删《太史公书》为十余万言”。表明东汉皇室依然不愿全部公开《史记》，只让杨终删为十多万字发表。被删后仅十余万言的《史记》，在汉以后即失传，以后一直流传的是经续补的《史记》。
唐朝时，由于古文运动的兴起，文人们对《史记》给予了高度的重视，当时著名散文家韩愈、柳宗元等都对《史记》特别推崇。
宋元之后，欧阳修、郑樵、洪迈、王应麟各家，以及明朝的公安派、清朝的桐城派，都十分赞赏《史记》的文笔。《史记》的声望与日俱增，各家各派注释和评价《史记》的书也源源不断出现。
