《史记》经过司马迁外孙杨恽的努力,才开始流传,但到东汉时已经有了残缺。
今本《史记》一百三十卷,篇数跟司马迁自序所说的相符。但《汉书·司马迁传》说其中“十篇缺,有录无书”。三国魏张晏注:“迁没之后,亡景纪、武纪、礼书、乐书、兵书(即律书)、汉兴以来将相年表、日者传、三王余篇”,班固在《汉书·艺文志》中著录冯商所续《史记》七篇刘知几认为续补《史记》的不只是褚、冯两家,而有十五家之多。
《史记》有两部,一部在司马迁的工作场所(宫廷)副本在家中。在汉宣帝时期,司马迁的外孙杨恽开始把该书内容向社会传播,但是篇幅流传不多,很快就因为杨恽遇害中止。
《史记》成书后,由于它被指责为对抗汉代正宗思想的异端代表,因此,在两汉时,《史记》一直被视为离经叛道的“谤书”,不但得不到应有的公正评价,而且当时学者也不敢为之作注释。
在西汉即使诸侯都没有全版的《太史公书》,东平王曾向朝廷要求赏赐宫廷中的《太史公书》也遭到拒绝。因为《史记》中有大量宫廷秘事,西汉严禁泄露宫廷语,因此只有宫廷人员才能接触到该书。汉宣帝时褚少孙在宫廷中阅读该书,其中已经有些篇幅不对宫廷官员开放,到班固父子时,宣称缺少了十篇,班固家被皇室赐予《太史公书》副本,其中也少了十篇。
司马迁创作的《史记》比较广泛地传播流行,大约是在东汉中期以后。东汉朝廷也曾下诏删节和续补《史记》。《后汉书·杨终传》云,杨终“受诏删《太史公书》为十余万言”。表明东汉皇室依然不愿全部公开《史记》,只让杨终删为十多万字发表。被删后仅十余万言的《史记》,在汉以后即失传,以后一直流传的是经续补的《史记》。
唐朝时,由于古文运动的兴起,文人们对《史记》给予了高度的重视,当时著名散文家韩愈、柳宗元等都对《史记》特别推崇。
宋元之后,欧阳修、郑樵、洪迈、王应麟各家,以及明朝的公安派、清朝的桐城派,都十分赞赏《史记》的文笔。《史记》的声望与日俱增,各家各派注释和评价《史记》的书也源源不断出现。