计算机思维导图有许多功能上的优势，而且能够快速复制有机思维的流动性，但是手绘思维导图所具有的优势是一些计算机思维导图所没有具备的。
如果没有计算机可供使用，如果时间有限，如果会议的思想的顺序不明显，那么计算机思维导图的劣势就会明显地暴露出来。在这些情形下，草草地画在“信封背面”的思维导图仍有可能是最实用的解决办法。还有很多其他情形，可能使用纸和笔绘制思维导图才是最有效的方法。
计算机思维导图缺乏有机思维的创造性，完全不能够与手绘思维导图相提并论，尤其是你想创造个人的艺术作品，以非常个人化的形式帮助自己联想和回忆事情的时候。手绘思维导图有更多来自你个人的投入，是一个强大的学习工具。
一些计算机思维导图软件包对于版面和格式有限制，例如，许多程序把你限制在一个中心主题上，而且你会禁不住使用计算机默认的分支、颜色、字体或版面设置，导致思维导图缺乏个性和视觉刺激，从而使其没有手绘的思维导图易记。还有，你可以很轻松地使用软件自带的剪贴画、照片和图像，这样你就不太可能添加自己绘制的图片用于表达你真实的思想。结果就是，计算机思维导图就不如手绘思维导图那样具有独特性。
有时，在你真正需要发挥创造才能的时候，计算机会显得很不方便，计算机会降低思考的自发性，继而抑制创造力的发挥。例如，如果你不得不要等待开机和装上软件，那么你将可能会失去关键的创造时间，忘记重要的思想裂点。在这种情形下，用便捷的纸和笔粗略地画一张思维导图会防止创新想法的流失。而且，一旦你把自己的思想写在纸上，之后你可以随时使用软件程序整理和完善你手绘的思维导图。
过度依赖基于电脑屏幕的交互对人脑功能的影响。如果我们坐在办公桌旁，只是随意地点击图标和菜单选项，以及回复邮件等，长期下去我们的大脑会变得懒惰起来。如果电脑突然死机，这会表现得尤其明显。
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