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动画第二季后面是原创的，应该是17集后接着是东京篇，然后接漫画。至于结局。羽翼的人物关系挺混乱的，你至少要把漫画183-233话连起来看一遍。
以下是个人的理解和总结，简单来说：
先是很久之前，侑子濒临死亡，出现死亡的那个印记。库洛停住了她的时间，使她处在死前的一瞬间，但永远不会死亡。这使得自然死亡的世界规则受到破坏，世界的平衡开始动摇。
飞王希望超越库洛，消除侑子的死亡印记，扭转她死亡的这个现实。于是开始了一系列的计划，想要彻底改变“人死不能复生”这个世界的规则。
之后，真正的小狼听从父母的安排，前往玖楼国，在遗迹遇见了真正的小樱。
小樱仪式的最后一天，飞王出现，在小樱的身上刻下了死亡印记（和侑子的一样），当印记变大覆盖全身时，小樱就会死亡，小狼留在了玖楼国，寻找解救小樱的方法，可是没找到。小樱快14岁时，印记发动了。
小狼想要扭转现实，向侑子许愿，令时间倒流，回到了7岁时，代价是失去自由，被囚禁在飞王那里。
时间倒流也产生了很多矛盾，处于时间之外的小狼这个空白，产生出四月一日君寻这个存在，所以两人的存在本身相同。
知道小樱死亡印记的抚子妈妈被世界修正而消失了，库洛为了补救，丢下小可和月，到玖楼国填补了小樱父王的空缺。而腾隆爸爸则成为了考古学家，收养了复制小狼。
历史发生改变，小樱7岁生日时没有遇见飞王，也没有被刻下死亡印记。与复制小狼相遇，成长到14岁。
飞王制造了黑钢和法伊幼年的悲剧。
之后的发展接着第一卷，小樱失去羽毛，一行人开始旅行。
到183话，小狼和黑钢、法伊回到了时间夹缝中的玖楼国，遗迹中停留在小樱被印记吞噬前的一瞬间。
两个小狼决战后合力刺中飞王，用魔力打开连接飞王所在地的通道，把眼睛还给了法伊，复制小狼被打碎消失。
被制造出来的，只会消失而不会死亡，于是侑子趁他完全消失前，将小狼转移到梦中，并呼唤出同样被转移来的复制小樱。 然后给他们重生的机会。
侑子做完能做的事，被印记吞噬死亡了。
重生后的小樱小狼在香港相遇，结婚后生下的孩子就是真正的小狼，并在小狼7岁时指引他前往玖楼国。
这就构成了一个封闭的圆环，复制的二人生下真正的小狼，小狼前往玖楼国后的选择与决定，创造出复制的二人。
多方努力的结果，飞王的计划失败，两对小樱小狼合力打破了封闭的圆环。
复制的二人化为记忆的羽毛，融入本体的二人体内。
小狼的父母（复制的二人）消失后，同源的小狼和四月一日变得不可能出
生，将被世界抹杀。
为了回到现世，二人付出代价，成为与任何世界都毫无联系的局外人，四月一日必须滞留在店里，而小狼则不能在同一地点常留，只能不停旅行。
小樱知道，如果自己同行，将会使小狼的旅程很辛苦，选择留在玖楼国。
而黑钢、法伊、莫可那决定陪小狼一起旅行。
全篇就此结束。
不知有没有讲清，希望能帮助你理解。
ps：涉及穿越时间的故事，逻辑都挺混乱的，毕竟有“祖母悖论”存在。CLAMP处理的算是不错了。你也不要想得太复杂，理解个大概就好。
