一、总体上的目录：
一般会有如下目录和文件，这些自己创建（见二）或用acmkdir自动生成：
1. 目录：
(1) 必选：
m4: 第三方或自己写的用于configure.in中的宏
doc: 各种文档
src: 源码顶层目录（里面怎么细分是自己的事）
config: 放置configure过程中的一些文件，使得顶层目录不那么多文件
(2) 可选：
include: 可选目录，你愿意的话，可以用configure将所有的头文件链接到这个目录下。一般不用。
lib: 可选目录，你愿意的话，可以将对系统调用的实现（针对有些平台上没有实现的调用），常用的小代码（你可能觉得太小，对每个工程都常用，不应该放src里做为库）放在这个目录下。
2. 文件：
如：README, AUTHORS, NEWS, ChangeLog, INSTALL, COPYING 有些是automake需要的，必须要存在，除非你用了automake --foreign 选项，就可以不用添加它们。
二、一步步创建工程：
（这个用到我的例子，其说明见每一步，不单独说明例子了）
1. 创建必须目录：
mkdir src config doc m4
2. 创建configure.in 文件：
AC_INIT([kid], # 工程名
[0.1], # 版本号
[Yi Feng yifengcn@], # 名字和邮箱
[kid]) # make dist/distcheck的打包名
AC_CONFIG_AUX_DIR(config) # 表示将configure生成的一些文件，放在这里（使得上层整洁些）
AM_CONFIG_HEADER(config.h) # 配置头文件名为config.h
AM_INIT_AUTOMAKE([dist-bzip2]) # 这里面当然很多参数，而[dist-bzip2]表示make dist/distcheck打包按bz2打包，默认是gz
AC_PROG_CC # 检测用什么C编译器
AC_PROG_CXX # 检测用什么C++编译器
AC_PROG_INSTALL # 生成安装脚本 install-sh
AC_PROG_RANLIB # 生成静态库要用它（生成库索引）
AC_PROG_LIBTOOL # 如果只生成静态库，用ranlib即可。动态库得用libtool
AC_PROG_MAKE_SET # 没见到有无这个选项的差异，加上吧。
AC_CONFIG_FILES([ # configure.in也是给automake用的，automake会在下面这些地方去把你写的Makefile.am/xxx.pc.in转成Makefile.in模板/xxx.pc。下面这些文件.am/.pc.in都得自己写。
Makefile # 它来自顶层Makefile.am，就是SUBDIRS，指定下m4, src, doc
src/Makefile # 来自src目录（源文件）下的总Makefile.am，也是指定下SUBDIRS
src/libhello/Makefile # 这来自src下libhello子目录下的Makefile.am，提供libhello库
src/libhello/hello-1.0.pc # 因为这个库要安装，这个文件安装后供pkg-config使用
src/bin/Makefile # 这来自src下bin子目录，是可运行程序，使用libhello库
doc/Makefile # 这里展示了Man文件的安装方法，道理一样。
m4/Makefile # 如果你在里面放了自己的configure.in宏，就要这样。
])
AC_OUTPUT
说明：
(1) 生成库
ranlib是以前给静态库生成索引时用的，所以要用之。但是后来，出现了libtool，这个工具专门生成“库”，包括静态和动态，所以，可以不必再用ranlib了。但是，如果仅仅生成静态库的话，就用ranlib即可，AC_PROG_LIBTOOL使得configure时间很长:( 另外，libtool的用法，单独的我没使用过（它独立于autoconf和automake，是GNU为了解决不同平台，动态库是否实现，要加什么参数等等不同，而制做的一个接口统一的工具，用户生成库时不再关系这些不同），但是它和automake结合起来非常好用，见下面，它默认的就会同时生成静态库和动态库。且如果你的程序，有个主程序，还有个动态库，要用主程序连库，它会默认连接动态库。而你将他们make install后，你ldd一下主程序，会发现，它依赖的动态库，是个全路径的库！这样避免了ld.so的一套动态库搜索机制，你不用做任何设置（比如ldconfig），你的程序就可以运行。
看看命令行输出，其实是gcc在链接库(libhello.so)的时候，加了-Wl等参数，截取如下：
gcc -Wall -g -O3 -g -O2 -o .libs/kid main.o -lm ../../src/libhello/.libs/libhello.so -Wl,--rpath -Wl,/home/echo/tmp/echo//lib
还得提一句，就是libtool的接口为什么是统一的，见下面的Makefile.am文件就知道了，它抽象为：你只用写一种库，后缀为.la。然后后自动生成符合该平台要求的动态库（如.so）和静态库（如.a）
(2) .pc.in
一般，如果你要安装库的话，为了用户友好，最好提供xxx.pc.in文件，这个文件内容在下面会看到。但是，同任何一个需要安装的目标一样，你都得在它所在层次的Makefile.am中指定“Primitive”。即:
pkgconfigdir = $(libdir)/pkgconfig
pkgconfig_DATA = hello-1.0.pc
以知道安装路径和由.pc.in生成方法.pc文件的方法。
（.pc文件也可以做参数直接给pkg-config 用的，你用 pkg-config xxx.pc --libs --cflags试试）
.pc文件的安装路径，一般都是$(libdir)下的pkgconfig，这里$(libdir) = $(prefix)/lib.
3. 把你的源文件放入相应目录，并按照configure.in中指定的Makefile位置，创建各个Makefile.am：
首先给出写Makefile.am的总原则 ──── “写Makefile是写规则，而写Makefile.am是一些赋值而已”
(1) 上层的 Makefile.am 只用写 SUBDIRS 和 EXTRA_DIST：
你哪个地方想要生成xx（比如由源文件生成库），安装xx（比如doc中的man文件），都得有Makefile.am。如果按照层次组织的话，则每一级目录都得写Makefile.am，上层点的目录会有子目录，则上层目录中的Makefile.am只需写SUBDIRS = sub1 sub2 sub3即可。这里还有个关键是： 靠 sub1 sub2 sub3的顺序，指定了编译顺序！！ 如果sub1 sub2是库，sub3是程序要用它们，那么这样指定是正确的！
而EXTRA_DIST = file1 file2 的目的只是：如果你有特别的文件（即不是Makefile.am管的，也不是autotools体系的东西）要保留到make dist生成的发型版中，则要用EXTRA_DIST指明，否则是不会带之的。比如你为了省事写的./reconf文件（包含libtoolize aclocal autconf autoheader 和 automake）就要用EXTRA_DIST指明保留。
(2) 下层点的（即源码目录，或其他待生成(如xxx.pc)，待安装文件(如man)所在的目录中）Makefile.am要写清楚的是各个变量的赋值！如AM_CPPFLAGS就是automake的一个变量。详细的变量列表参见automake.htm（GNU主页的文档）的 Variable Index 附录。
------------ a. 全局：--------------
AM_CPPFLAGS = -I... -D... #给预处理器的参数（而INCLUDES是老的用法了，新的已建议用AM_CPPFLAGS）
AM_LDFLAGS = -L #就是给-L用的，可能有其他的用途。
LDADD = -lm -lhello #给-l用的
AM_CFLAGS #对上面三个的补充，你愿意加什么加什么，如 -Wall -O3 -g
说明：
全局的意思是：对本文件有效。目前我不用，也没找过像Makefile中export之类的传递变量的方法。现在我在Makefile.am中采取的方法，仍然是不集中在上层目录的Makefile.am放置共用变量，如头文件位置(很多-I)集中放在上层。其实分散放，每个单元可独立起来，也挺好的。
加AM的意思是：不加AM的对应的变量，设计给包的用户用的，即用户可以这样：./configure CFLAGS='-Wall'。如果你在Makefile.am中也用CFLAGS的话也可以，只不过会被用户的覆盖。所以，你要加个AM_前缀，表示这是给开发者用的变量，不会被用户定义的覆盖。LDADD 用于加-l的，这个与用户无关，所以没有AM_前缀的用法。
这里提到的四个变量，将会用在本Makefile.am相关的所有预处理，编译和链接。
----------- b. 元素： -------------
在很多情况下，可以理解为用 “位置_制做安装方法 = primitive1 primitive2” 来定义元素 primitive1 和primitive2。元素，就是要编译，生成（如xxx.pc）或安装（如man文件）的目标。这告诉我们，primitive1 和 primitive2 将会安装到 $(prefix)/位置，并且制做和安装方法按照你指定的来。来看几个非程序的例子：
=== 如：你要安装cow.1到man1下，那么这样写Makefile.am:
man1_MANS = cow.1
就行了。man1表示将会把这个文件安装到$(prefix)/share/man/man1中（别扣说为什么没有写出share到元素中），而MANS则指出了cow.1是一个man文件，无须做什么处理，当用户make install时，直接放到$(prefix)/share/man/man1中即可。但是这样写 man1_MANS = cow.1 ，不会再写什么属性了（见下 c. 属性），但是automake的一个规则是，如果你要在 make dist中包含什么程序文件，应该再写 xx_SOURCES 指明有哪些文件要编译和打包，或者用EXTRA_DIST = 来指明包含的文件。由于 man_MANS 对应的东西，如果写cow_1_SOURCES，语法上是错的，因为没有MANS对应的SOURCES，而 automake 默认，对man1_MANS = cow.1这种形式，不会包含cow.1到 make dist打好的包里。那怎么办呢？automake提供了 dist_ 前缀，和nodist_前缀对应，表示这个元素，不必写出 SOURCES 类似的东西，直接将和它名字相同的文件，放到make dist里即可。
所以，最终形式是： dist_man1_MANS = cow.1
=== 再如：你要安装hello-1.0.pc，那么只需要在Makefile.am中写：
pkgconfigdir = $(libdir)/pkgconfig
pkgconfig_DATA = hello-1.0.pc
注意到，这里光指出pkgconfig_DATA中的pkgconfig，是不能确定安装位置的，这里pkgconfig和上面的man1的区别是：man1是automake定义的，它当然知道你写了这个就表示要装到哪里 ──── 实际上，一个叫mandir的变量被默认定义了，它就等于 $(prefix)/share/man。但是你自己写的pkgconfig不是automake内置的，没有相应的dir变量，所以你必须自己指明 pkgconfigdir = $(libdir)/pkgconfig，这样才能让automake知道，你要装到这里！这里libdir就是automake定义的变量，直接写即可，它对应于lib_XXX（如lib_LIBRARIES）元素定义。至于这里 _DATA的目的，就是说明，hello-1.0.pc.in 怎么样处理：如果你在里面引用了如prefix，那么configure脚本会在运行的时候，将hello-1.0.pc.in中的变量替换，以生成hello-1.0.pc。比如你自己指定了./configure --prefix=...。
下面列举出常用的 元素定义 方式，这些都是automake的“变量”，全面的变量列表参见automake.htm（GNU主页的文档）的 Variable Index 附录。
EXTRA_PROGRAMS = # 这里要列出，由用户./configure来决定是否要产生的目标。
bin_PROGRAMS = kid # 这是定义程序元素的方式，bin由automake默认定义了bindir=$(prefix)/bin，下面的同理。
sbin_PROGRAMS = # 如果你想装到sbin下的话。
lib_LIBRARIES = libhello.a # 定义静态库元素的方式，这里由LIBRARIES指明了，要编译成静态库。
pkglib_LIBRARIES = # 凡是加上pkgxxx的，表示只是安装的时候加上包名，即pkglibdir=$(prefix)/lib/@PACKAGE@ 其中PACKAGE应该会被用configure.in中你写的那个替换掉。
include_HEADERS = # 这是列出你要安装的头文件，这一般是用于你制做了一个库，然后这里给出你要安装的头文件。
pkginclude_HEADERS = # 同pkglib意义。
noinst_PROGRAMS = # noinst_表明，生成的东西，不安装。这里表明生成的程序，make install不会安装
noinst_LIBRARIES = # 这是常用的，因为你可能在子目录下，生成一个供自己程序使用的静态库。
lib_LTLIBRARIES = libhello.la # 这个太常用了，生成动态库，要借助libtool(LT)，这里LTLIBRARIES表明了要使用libtool。注意：这样写的话，动态库的libhello和静态库的都会生成！如果你写的是noinst_LTLIBRARIES，则只生成静态库的！！ 所以，实际上，上面的noinst_LIBRARIES已经意义不大了（但是它却让configure的时候时间快得多）
xmldir = $(datadir)/xml # 这里是自己定义 元素定义 的例子，你要安装到“xml目录”下，这个目录被指定为$(datadir)/xml，其中$(datadir)不再多说，是系统定义的。如果没有手册的话，你make install一次，就知道其默认值了。
xml_DATA = file.xml # 接上面的，这里得指出 制做方式按 DATA。再说明一下：DATA的概念很广，很多不知道怎么分类的文件，都可以用这个来装。但是如果你需要文件中的内容，被configure来调整的话，那么先生成.in 文件，在文件中用 @var@来引用变量（你见到的很多变量都可以用），把这个.in 放 configure.in 中，这一切参见 .pc.in 的做法。
man1_MANS = # automake定义的安装man的方式
data_DATA = # automake定义的安装数据文件（如 xxx.pc）的方式。
pkgdata_DATA = # 有pkg前缀的同上pkglib意义。
下面列出完整的预先定义的安装路径：（其中一些对应的aaa_BBB中的BBB是啥，得查手册了）
1. Program-related files are installed in one of the following locations:
bindir = $(exec_prefix)/bin
sbindir = $(exec_prefix)/sbin
libexecdir = $(exec_prefix)/libexec
libdir = $(exec_prefix)/lib
includedir = $(prefix)/include
2. Data files should be installed in one of the following directories:
datadir = $(prefix)/share
sysconfdir = $(prefix)/etc
sharedstatedir = $(prefix)/com
localstatedir = $(prefix)/var
3. Documentation should be installed in the following directories:
infodir = $(prefix)/info
mandir = $(prefix)/man
man1dir = $(prefix)/man1
4. Then there are some directories for developing various eccentric types of files:
lispdir = $(datadir)/emacs/site-lisp
m4dir = $(datadir)/aclocal
5. Some Subdirectories for convenience:
pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
--------------- c. 属性：------------------
显然，定了上面 元素 是不够的。元素有其属性。给属性赋值的方式是 “元素_属性”。其中“元素”含.的话，要用_代替。
== 库元素的属性有以下：（假设上面 元素定义 是 lib_LTLIBRARIES = libhello.la）
libhello_la_SOURCES = hello1.c hello2.c hello.h
# set the soname : libhello-2.1.3.so.3.0.0
libhello_la_LDFLAGS = -release 2.1.3 -version-info 3:3:3
# 其中两个版本号，可以不用的。但是正规的都要用。release是你自己规定的，你爱怎么写怎么写。而version是有规定的，上网查吧，首先形式是 a:b:c，冒号不能为.号，然后每个号有意义，均是对库接口变化情况的描述。我不知道为什么这里指定了3:3:3，上面是3.0.0，可能3:3:3不合法呵呵。
libhello_a_LIBADD = obj1.o sub/libsub.la # 添加一些已有的.o/ .a /.la /.so，目的是聚合。
libhello_a_DEPENDENCIES = dep1 # 这个依赖的意思是：它需要在dep1后才编译。不是LIBADD的聚合意思。没用过，因为直接在上层目录的Makefile.am的SUBDIRS里指定目录顺序，编译顺序就按那个来。
== 程序元素的属性有以下：（假设上面 元素定义 是 bin_PROGRAMS = kid）
kid_SOURCES = a.c b.c a.h b.h # 列出所有的文件！！包括头文件。因为只有这里列出的，才能被包含到make dist/distcheck生成的包中去。
kid_LDFLAGS = # -L 等选项。
kid_LDADD = # -l 选项
kid_DEPENDENCIES = # 同库元素属性例子。
注意：这里的_LDFLAGS等，是上面AM_LDFLAGS等的局部变量，只对这一条有效。
4. 本例子的文件夹和文件详细：（紧接上面2步之后该添加的东西）
(1) $(top_srcdir)/reconf
这个文件，用于简化当configure.in, Makefile.am非文件列表部分 等文件改动后，需要重新生成工程的时候的命令集合。
内容如下：
#!/bin/bash
echo '- libtoolize'
libtoolize --force # 这个是和libtool配合的，如果你要生成动态库，才用这个。
echo '- aclocal -I m4'
aclocal -I m4 # 给configure.in中的宏生成实际脚本。
echo '- autoconf'
autoconf # autoconf 将 configure.in 转化为configure
echo '- autoheader'
autoheader # 生成 config.h.in 模板
echo '- automake --add-missing --foreign'
automake --add-missing --foreign # 将你在configure.in中，指定的各个Makefile.am，转成Makefile.in模板。
(2) $(top_srcdir)/Makefile.am
这个是顶层的Makefile.am，内容如下：
EXTRA_DIST = reconf configure # 在make dist生成的包中，包含本来可能不会包含的reconf 和 configure（configure会包含的，这里不写也可以）
SUBDIRS = m4 src doc # 三个目录（其中m4用于放用户自己定义的configure.in宏，我一般不用）
(3) $(top_srcdir)/m4/Makefile.am
因为这里我没用m4目录，所以在里面创建一个内容为空的Makefile.am文件即可。
(4) $(top_srcdir)/doc/Makefile.am
在doc中，我放了一个man文件，叫做cow.1（内容为空），其Makefile.am内容如下：
dist_man1_MANS = cow.1
# （加dist原因上面已述，因为这只写了元素 cow.1 没有写其属性，比如有哪些文件，而automake默认对这种可能是不会加到 make dist 的打包文件中的。所以，前面加个 dist_ 前缀，表示，把cow.1当作文件名，并且把这个文件加到make dist 打包文件中）
(5) $(top_srcdir)/src/Makefile.am
这个文件是src目录的总Makefile，src目录就包含libhello和bin两个目录。Makefile.am内容如下：
SUBDIRS = libhello bin # 其中，libhello放在前面，让它先编译。否则bin没法编译。
(6) $(top_srcdir)/src/libhello/Makefile.am
这个文件是 libhello目录的总Makefile，内容如下：
AM_CFLAGS = -Wall -g -O3
lib_LTLIBRARIES = libhello.la
include_HEADERS = hello.h # 为库配套安装的头文件是这个
libhello_la_SOURCES = hello1.c hello2.c hello.h
libhello_la_LDFLAGS = -release 2.1.3 -version-info 3:3:3 # set the soname: libhello-2.1.3.so.3.0.0
pkgconfigdir = $(libdir)/pkgconfig
pkgconfig_DATA = hello-1.0.pc
------ 其他文件内容为：------
hello-1.0.pc.in 内容（这是通用模板，改下Name, Description, Version, Libs即可，更全面的模板man pkg-config，在末尾一点）:
prefix=@prefix@
exec_prefix=@exec_prefix@
libdir=@libdir@
includedir=@includedir@
Name: hello
Description: say hello library
Requires:
Version: @1.0@
Libs: -L${libdir} -lhello
Cflags: -I${includedir} -I${libdir}
源文件 hello1.c:
#include "hello.h"
void hello1(int times)
{
int i = 0;
for (i = 0; i < sqrt(times); i++) {
printf("hello kid1!/n");
}
}
源文件 hello2.c:
#include "hello.h"
void hello2(int times)
{
int i = 0;
for (i = 0; i < sqrt(times); i++) {
printf("hello kid2!/n");
}
}
源文件 hello.h:
#ifndef HELLO_H
#define HELLO_H
#include <stdio.h>
#include <math.h>
void hello1(int times);
void hello2(int times);
#endif
(7) $(top_srcdir)/src/bin/Makefile.am
这是bin程序目录的主Makefile，内容如下：
AM_CPPFLAGS = -I$(top_srcdir)/src/libhello
AM_LDFLAGS = -L$(top_builddir)/src/libhello
LDADD = -lhello -lm
AM_CFLAGS = -Wall -g -O3
bin_PROGRAMS = kid
kid_SOURCES = main.c
源文件 main.c 内容：
#include "hello.h"
int main(int argc, char *argv[])
{
hello1(4);
hello2(16);
return 0;
}
5. make distcheck检验 和 打包：
用make dist可以打包。用make distcheck可以模拟用户使用来检测，并打包。
我这个例子，原先用make distcheck最后在main.o -lhello时报错（虽然make是好的）。但是生成的打包文件，解开后，使用是正常的。后来才意识到，make distcheck会检查VPATH方式的build，这个出错正是VPATH方式的build通不过。
即：有一种编译方式是，比如进到$(top_srcdir)目录后，你不是./configure，而是建立一个build目录，然后在目录中 ../configure; make; make install，这样，原$(top_srcdir)目录下的所有东西，不会受到影响，生成的文件，全部在 build下了！包括所有Makefile.am所在的目录树。
VPATH来源于GNU Make，实质也就是，在一个目录下make，但是允许其文件来自其他地方。
后来，查阅 autotools_tutorial.html 发现， 6.7 General Automake principles 有提到，如果要支持VPATH，那么一些写法上还要注意： 导致我这里错误的是以下两个变量：
$(top_srcdir) 只能用于你自己原有的文件。
$(top_builddir) 必须用于生成的文件，如系统生成了一个库，那么 -L.. 路径，就要用 $(top_builddir)引出。
我当时，正是由于 bin中的Makefile.am 中的 AM_LDFLAGS = -L$(top_builddir)/src/libhello 用的是 $(top_srcdir) 而导致的错。
但是要注意的是：“理解上”，都将这两个变量认为是 Project的顶层目录来做，就是src所在的目录层次。
6. 使用：
下面列出一些使用方法：
(1) 在Makefile.am中添加，删除，更改文件名，只需要make即可。如果改的是其他的东西，多半要重新automake，然后再make。但也一般没有必须要重复走libtoolize;aclocal;autoconf;autohead 步骤。
如果修改了configure.in文件，如果Makefile还在，多半直接make就行，它会自动重走./reconf和./configure
(2) 上面多次提到的 prefix，以及exec-prefix，用户在configure中配置方法为：
configure --prefix=/home/echo --exec-prefix=/home/echo/linux
exec-prefix默认设置等于prefix，但是如果你设置了它其他路径，则所有的二进制文件（即本平台相关）文件会被安装到exec-prefix指定的路径下，其他文件照常装到prefix指定的路径下。这是因为，你可能有这样的要求：你会编译很多平台的二进制文件，放到不同的exec-prefix下，然后自己做为网络服务器，供不同平台的人使用。
另外，用configure配置用户变量的用法为（用户变量，就是与上面提到的AM_变量想对应的）：configure CFLAGS='-Wall -O3 -g'
(3) wildcards ?
automake 不支持 $(wildcards ...)，别想了。不仅不支持，还要想理由让你觉得应该不支持。见GNU官方automake文档的27.3 Why doesn't Automake support wildcards?。如果你要实现这点，自己写脚本来处理吧。
(4) 安装和取消安装：
如果你要安装到自己目录，用./configure --prefix=..吧。make install时，用自己用户即可。一些子目录，如bin，lib等会被自动生成。
像一些动态库，如果你要安装到自己目录，又不想要root去配置ldconfig等，可以让 gcc 生成执行文件，在链接你的库时，用 -Wl 指定绝对路径，上面有介绍。仅仅依靠放在相同目录下是不够的。不过，这个一般automake就给你做了。
make uninstall可以删除已安装的东西。
7. 更多主题：
(1) 显然，“元素” 定义，并不能解决一切，因为除了MANS，除了DATA等，我们可能对 元素的生成有自己的看法！而且，在一些对源文件编译的场合，也许我们也有自己的看法。所以，automake 允许你在Makefile.am里面写 Makefile的规则！！
例子参加 autotools_tutorial.html的 6.13 Scripts with Automake ，这里介绍的是如果你想安装一些脚本。
(2) Doxygen的支持：
这需要在m4中添加一个宏，然后还有些配置，之后，makefile中会自动有个生成doxygen文档的目标。
