项目管理的好坏决定着项目质量效益的高低，在的农业综合开发项目建设中，焉耆县农发办狠抓薄弱环节，找准关键点，全面推行“五制”，严格把好“五关”，极大提高了农业综合开发项目管理水平。
一是推行“竞争立项制”，严把规划设计关。在选项依据上，土地治理项目以解决制约农业发展的关键因素，改善农业生产条件和保护农业生态环境为前提，产业化经营项目以带动农民增收为首要条件。在工作措施上，始终把项目实地勘察作为一项重要的基础工作来抓，坚持几上几下，精益求精地设计，深入细致地调查，认真解决项目村群众迫切需要解决的问题。在立项原则上，按照公平竞争、择优选项的原则，县农发办组织农发项目评审专家，对县级农发办上报的农业综合开发土地治理项目初步设计和产业化经营项目建议书进行初评初审，提出评审意见和修改完善建议，以此增强项目设计的科学性和可操作性，确保项目申报质量。
二是推行“招投标制”，严把物质劳务采购关。对所有大宗材料物资和10万元以上的单项工程都实行招投标，要求有资质、信誉好的公司进行投标。
三是推行“工程监理制”，严把项目建设关。在工程实施过程中，全面推行工程监理制，对工程材料、工序、质量进行全程监督和技术指导，保证了项目质量和效益。
四是推行“项目资金公示制”，严把竣工验收关。在严格标准、严格程序，严格验收的基础上，对项目名称、实施地点、建设内容、项目投资等进行公示，广泛接受群众监督，确保项目区群众的知情权和监督权。
五是推行“竣工项目管护制”，严把项目管护关。树立“建管并重”的项目管护理念，健全管护制度，落实管护责任，做到项目竣工、管护上马，确保农发工程长期发挥效益。
