圣·索菲亚教堂始建于清光绪三十三年（1907年）三月，最初是沙俄东西伯利亚第四步兵师修建中东铁路时的随军教堂。
东正教的实体通称正教会（东正教会），全称正统天主教会。当年沙俄为照顾修建中东铁路时军中战士的信仰，方便向圣主祷告才在哈尔滨建了这座简陋教堂。
教堂原为木制结构，规模较小。随着东正教徒的增加，199月，由俄国茶商伊·费·赤斯嘉科夫出资6万卢布，索菲亚教堂第二次重建，历时9年，于1932年11月25日落成。
索菲亚教堂由俄国建筑师科亚西科夫设计。教堂通高53.25米，建筑面积721平方米，可容纳2000人，是远东地区规模最大的东正教堂。
