1386年，沈万三的孙子沈至、沈庄，先后入狱，这二人皆是沈万三的三子沈旺所生。沈庄涉嫌牵扯到胡惟庸案中，沈家上下打点，才保得兄弟二人无事。但沈庄体质弱，经不起折腾，不久辞世。而沈万三的女婿陆仲和，因为无钱打点，最终被诬陷为胡惟庸一伙，满门抄没。
沈万三的二女婿顾学文先前曾得罪别人，在1393年朱元璋处置所谓的“蓝玉谋反案”时，有人出首诬告顾学文跟蓝玉同谋。实际上不过是一位叫做王行的教书先生，先后受聘于顾家和蓝家，因为这点小关系，没想到惹上滔天大祸。顾学文全家遇难，沈家也牵扯其中，沈万三的三子沈旺和孙子，曾孙也在此案中不幸遇难，家产被朱洪武抄没。沈家经过此次打击，迅速衰败，湮没于历史潮河之中。
