巴塔哥尼亚西接安第斯山脉，雪峰与火山映照，冰川同密林交错，辟有大量的国家公园和自然保护区。位于圣克鲁斯省西南部冰川国家公园内的佩里托·莫雷诺大冰川。
内乌肯省西北部拉宁国家公园里有21个大大小小的湖泊和一座海拔3774m的拉宁死火山。这里还保存着远古原始森林，树高干粗，枝繁叶茂，苍劲挺拔。草长得很茂盛，而在盐碱平地上的耐盐的草和灌木占了主要地位。
巴塔哥尼亚地区，还分布着内乌肯省布兰卡沼泽自然保护区、圣克鲁斯省佩雷托·莫雷诺国家公园、火地岛国家公园保留地、丘布特省瓦尔德斯半岛国家海洋公园等壮美的自然景观及保护区内的骆马、兀鹰、美洲豹、海狮、海象、企鹅等珍贵动物。
巴塔哥尼亚西部边缘狭窄的长条地区有着与临近的科迪勒拉山类似的植被，主要为落叶和针叶林。广阔的高原地区分为南、北两区在其北部有耐旱的灌木林植被，往南逐渐转变为开阔的灌丛。
巴塔哥尼亚东部则是以辽阔的台地为主的荒漠和半荒漠高原。自西向东作阶梯状倾斜，东部则以陡峭的悬崖直逼大西洋，受古代冰川及现代干旱气候的影响，地表多冰蚀谷、冰碛丘、冰缘湖积冰水沉积及多种风蚀、风积地貌。
菲茨罗伊峰，在巴塔哥尼亚大冰原的东部山岭中，是一系列垂直岩石山峰中的一个高峰。几个紧凑的山峰组合，突兀矗立在冰川的沿线，而菲茨罗伊系列峰，显得尤为醒目壮观。
