公元167年，汉桓帝去世后，灵帝继位，百姓生活仍旧苦不堪言。农民难忍饥饿贫苦之痛，各地于是出来反抗，规模最大的当属张角领导的黄巾起义。张角兄弟三人通过“太平道”的宗教形式网罗农民。大约十年时间，太平道教徒多达数十万人，传遍了青州、徐州、幽州、冀州、荆州、扬州、充州、豫州等八个州。兄弟三人还设置了三十六方，大方约一万于人，小方约六七千人，各有各的首领。他们还写了四句话：“苍天已死，黄天当立；岁在甲子，天下大吉，”作为内部暗号。“苍天”指的是当时的大汉王朝，“黄天” 即指他们信奉的太平道。
在众多首领中，最先起义的是马元义。他召集了几万人马，并亲自带着大量金银财宝送给京都的中常侍封谓和徐奉，以他们为内应，约定在甲子年三月初五日各地同时起义，内外夹攻，推翻腐朽的东汉王朝，并派人将起义时间通知了张角。但不料，张角的弟子唐周叛变，泄密给了朝廷。很快，马元义被缉拿，但他宁死不屈。皇帝随即下旨捉拿张角三兄弟，张角闻事不妙，立即通知下去要各地提前半个月起义，所有人都必须头戴黄巾，以此为“黄巾军”标识。
起义不到十几天功夫，全国各地纷纷响应，黄巾军合力攻打县郡，各州府官吏纷纷向皇帝告急。于是灵帝就拜何进为大将军，保卫京都；再派两路人马，讨伐黄巾军。一路由尚书卢植带领，向黄河以北进军；一路由北地太守皇甫嵩和谏议大夫朱俊带领，去攻打颖川一带的黄巾军；为配合作战，曹操被拜为骑都尉，亲率五千骑兵赶往颖川助阵。在此役中，曹操的军事才华得以展露，曹操亲率骑兵猛力冲击敌阵，身先士卒，所向披靡，搅得敌人阵脚大乱。皇甫嵩趁此良机，全线攻击黄巾军，敌军几万于人遭到屠杀，黄巾军节节败退。
此战后，皇甫嵩向灵帝呈上奏折，汇报战况，曹操的功劳也被写入其中。灵帝大悦，封皇甫嵩为都乡侯，朱俊为西乡侯，曹操封为济南相，官阶又进了一大步。此时曹操的祖父曹腾已经去世，钱财为其父曹嵩所继承，但其父视财如命，他不愿曹操离家，便劝曹操，但是以曹操的性格岂会为其父所阻。走马上任济南相前，曹操还好言安慰父亲。
曹操早年便胸怀大志，新官上任便是三把大火。他得知济南官员腐败，贪腐成风，曹操不能容忍罪恶横行，决心一一整顿。在济南有个叫刘章的，他是汉室宗亲，为所欲为，因其权势大，免不得有人向他行贿巴结。此人笃信鬼神，济南西城内有个自称是“天龙教”的教派，屡向刘章献媚，其中一个头头叫陈天龙，颇通易经八卦、阴阳五行之术，经常向刘章测算其鸿运相向，深得刘章喜好和青睐。陈天龙于是便借刘章之势力，大修天龙教教祠，意为扩大其影响力，借机勒索钱财，刘章也捐助几千两白银。曹操上任时，天龙教教祠已修建完成，香火钱物供奉络绎不绝。
曹操调查天龙教教祠发现，前来供奉之人并非本人意愿，多是被迫。向百姓打听后方才得知天龙教的种种罪恶行径，不入教者，可能被杀，很多人被搞得家破人亡。曹操深知其背后支撑势力为刘章，随即便拜访刘章，几番寒暄之后，刘章便对曹操敬畏三分，他只能随声附和，不知所措。
一天后，济南城内就贴出了一道禁令，禁令上说：“我汉室以孔学为尊，儒术为效，其余一切妖言邪说，尽皆禁止。凡有任何教派组织，从禁令发布之日起，即停止活动，三日之内全部解散。违令者一律处施以重刑。”百姓拍手称快。但是天龙教教祠与刘章关系密切，百姓不敢得罪，依旧如往日供奉。随即曹操派士兵查封天龙教，缉拿陈天龙等众多大小头目，刘章得知陈天龙等人被捉的消息正要亲赴曹相处请求对其宽大处理，不料半道上新禁令出，得知内容，便只能打道回府。曹操亲审陈天龙等人，决定将陈天龙等人斩首示众，烧毁天龙教教祠，教祠获得的银两，一一物归原主。百姓对曹操感激涕零！从此，曹操为官正直，铁面无私的名声在济南城内盛传，百姓安居乐业。
曹操的这一番举措自然又得罪了不少官场上层人士。刘章对曹操恨得咬牙切齿，利用他皇亲的身份去京城散布曹操的流言蜚语，朝中上下开始对曹操极端愤恨。公元185年，朝廷下令，将曹操调为东郡太守。该职位比济南相还更高一阶，名义上曹操是升了官，实则是将其调到宦官能直接控制的地方，待寻时机加害于他。曹操深知其中的阴谋诡计，思虑甚久，决定避其锋芒—辞官回乡。这让朝中上下官僚很是不解，这一举动足以体现曹操的智慧：遇强，则要学会避其锋芒，成大事者，得学会忍耐，而不急于一时！
