西安交通大学和东南大学两所学校从官方评定的“品牌”来看,差距并不是很大,两家大学都是985工程,世界一流大学建设高校A类,副部级中管高校,都属于国内传统名牌大学。不过,在社会认可度较高的“品牌”中,东南大学就略差一些,毕竟西安交通大学是10月启动的九校联盟成员,而九校联盟就是要比肩英国罗素大学集团、澳大利亚八校联盟等各国的大学联盟。
东南大学和西安交通大学都是在2000年“高校合并潮”中大有作为的院校,只是东南大学合并的院校更多一些,但是实力相对都要更弱一些,只是为了补齐学校自身短板,所以才合并的院校。东南大学合并的南京交通高等专科学校和南京地质学校实力都不强,但是东南大学合并了这两所学校,却大大加强了自身土木工程和交通运输工程的实力,这一点是不争的事实。事实上,东南大学的土木工程和交通运输工程都不属于国家级重点学科。
东南大学,合并的南京铁道医学院实力就更弱了。原来的南京铁道医学院看出身,绝对是非常漂亮的学校,他继承了第六军医学校的衣钵,不过第六军医学校是1954年,由部分留守的第五军医大学教师和三所军医中专学校合并组建而成,学校建校班底实力非常弱,否则怎么可能是一所“军医学校”,也就是中专起步的学校。一直到1958年才升级为“本科”高校,可见学校班底实力极弱。
西安交通大学和东南大学都是工科高校起家,不过西安交通大学合并的院校相对实力要更强一些,而且并不是为了补充学科或专业短板,而是为了补充学校整体不足,所以他合并了西安医科大学和陕西财经学院。总体来看,西安交通大学的实力胜过东南大学一些,这主要是因为,西安交通大学的综合实力更强,学校整体建设更为完善所致。