棉花的病害种类繁多，我国有记载的棉花病害有40多种，对棉花造成危害的病害有20余种。其中，棉花苗期主要病害有立枯病、炭疽病、红腐病、疫病、淬倒病、褐斑病、轮纹斑病、角斑病、叶斑病等，立枯病、炭疽病在各棉区均有发生，疫病、褐斑病在沿江棉区发生根普遍，红腐病在淮北棉区较常见。苗期病害引起烂种、烂芽、根腐、茎基腐及子叶和真叶的叶斑和叶枯，常造成棉田缺苗断垄，甚至翻耕重播。
1.立枯病
种子萌发尚未出土时受害，造成烂种、烂芽。棉苗出土后，靠近地面幼茎基部开始出现黄褐色病斑，并逐渐扩大凹陷，严重者变黑褐色腐烂、枯死。子叶受害一般在上中部出现不规则的黄褐色斑，后病斑破裂脱落成穿孔。
2.炭疽病
棉苗基部发病，病轻时只产生红褐色条斑或梭形病斑，略凹陷，有时病部失水纵裂，病重时病部变黑腐烂而死茵。子叶上发病．多在边缘形成半圆形黄褐色病斑．病部易干枯破裂。
3.红腐病
棉苗小土前，幼芽变红褐色腐烂。出土后棉苗根部受害，根尖、侧根开始变黄，后变为黑褐色腐烂，进而蔓延到全根。茎部受害时在近地面幼茎基部产生黄红色条斑，内部变褐，严重时腐烂。于叶边缘常产生灰红色不规则或近圆形病斑，易破裂。真叶症状与子叶相似。后期棉铃受害，表面产生大量白色粉状物质，而后黏结在一起成为粉红色块状物。病铃干腐不能开裂。
4.疫病
疫病主要危害子叶，初期子叶呈失水状，叶色变淡，病、健部界限明显，后期呈青褐色至黑色。湿度大时，子叶呈水渍状，部分或全部凋萎，导致僵苗迟发或死苗。
5.淬倒病
淬倒病主要危害未出土的种子、幼苗及出土不久的棉苗。在幼茎基部贴近地面部分，最初出现针尖大小的变色点，渐渐变黑扩大稍凹陷，严重时呈水浸状，变成黑褐色软腐，倒伏或直立枯死。
