农业措施主要有：发病后及时摘除病果、病叶和侧枝，集中烧毁或深埋；保护地（棚室）辣椒要加强通风管理，上午尽量保持较高的温度，使棚顶露水雾化，减少湿度。下午适当延长放风时间，加大放风量，以降低棚内湿度，夜间要适当提高棚温,减少或避免叶面结露；发病初期适当控制浇水，严防浇水过量,减低夜间棚内湿度或结露；合理密植，适当抑制该病扩展。
灰霉病主要危害辣椒幼苗及成株期，在防治中，应调控好温度和湿度，保持好通风。发病后及时将病枝、病果摘除，并喷施咪鲜胺乳油或异菌脲可湿性粉剂，隔7至10天一次，连续防治2至3次。
选用抗病品种、实行轮作、清洁田园、合理密植。
农业防治：①雨后及时排除积水，棚内合理通风降温。②及时清除病叶、病株、病果，带出棚外集中深埋或烧毁。③重施腐熟的优质有机肥，增施磷钾肥，适时喷施新高脂膜，提高植株抗病能力，适当控制浇水，有条件的可采用滴灌技术，禁止大水漫灌。
辣椒灰霉病主要是控制温度，湿度，主要采取地膜覆盖，通风，跟部滴灌等措施。
