目前百香果繁殖大部分采用扦插繁殖，此繁殖方式虽快，但极易携带病毒，种子繁殖虽慢，但不会携带病毒。所以研究种子的繁殖方法、发芽条件，有利于提高种子的利用率，可在生产中广泛应用。
有研究报道，用60粒种子发芽，全部幼苗均无病毒症状表现，用血清也未检测出百香果黄色花叶病毒的存在。
百香果的种子无休眠期，采收后即可播种，鲜种子萌发率可达95%。繁育技术中，种子的采种母株很重要。首先从健壮无病、高产优质植株上选取完全成熟，深紫色、红色或黄色，果皮稍皱缩的果实、挖出瓤囊，去除种囊皮与汁，洗净后阴干并尽快播种。
种子的生命力与贮存时种子的含水量、贮存环境的温湿度、贮存时间的长短密切相关，在良好的温湿度条件下，百香果种子较耐贮存，生命力强。洗净阴干的种子采用干净白卷纸小包装，放人经打2个通气小孔（直径1厘米）的塑料薄膜袋中，每袋放20个小包，在较干爽且空气流通的室温条件下，放置80天，经催芽播种后其发芽率可达80%。如将洗净阴干的种子放人可调温湿度的温箱中，在4℃空气湿度为60％的储存条件下，无论采用何种包装方法，其种子生命力表现都很强，贮存200多天后，还有相当高的发芽率。如播种的时间需要推迟，可将成熟果实经杀菌剂表面完整消毒后放在室内通风透光处让其阴干，1个月后种子发芽率仍很理想。如将成熟果实洗净放在杀菌溶液中充分消毒后，放在13℃的环境中，贮存2个月后取种子播种，其萌芽力仍相当好。
有研究报道，刚收获的种子含水量为20.3%，发芽率为88%;而把这些种子放置在35℃条件下干燥，当含水量为9.1％时，其发芽率为80%；继续干燥至种子含水量为5.2％时，其发芽率下降至66%。含水量为9.1％的种子，用塑料袋密封后，放在空调室内（温度为20℃，相对湿度约50%)，贮存12个月后，其发芽率还可达到72%；要是种子的含水量仅为5.2%，放人塑料袋内贮存，无论是封口还是不封口，在室温条件下（温度为20~30℃，相对湿度约90%)，放置10个月后，该处理的种子全部丧失了发芽活力。因此，预定贮存的种子不能太过干燥。根据百香果种子的生物学特性，实生苗培育可广泛应用。
百香果种子萌发适温为25~30℃，在催芽处理期间，若温度超过35℃或低于15℃，都会对种子萌芽生长有抑制。在我国南***带气候区，一般都会在6-7月收第1造果，10-11月收第2造果时采果播种。这两段时间的自然温度对种子萌发生长都很有利。
