9月27日，李克强总理对今年第21号超强台风“杜鹃”防御工作作出重要批示，要求国家防总指导地方扎实做好防范工作。汪洋副总理也作出批示，提出明确要求。9月28日，国家防总副总指挥、水利部部长陈雷再次主持召开会商会，贯彻落实李克强总理和汪洋副总理重要批示精神，进一步安排部署防汛防台风工作。
28日13时，超强台风“杜鹃”中心位于台湾宜兰东偏南约180公里的西北太平洋洋面上，中心附近最大风力16级（55米/秒），中心最低气压930百帕。预计，“杜鹃”将以每小时20公里左右速度向西偏北方向移动，强度缓慢减弱，将于28日傍晚前后以强台风级在台湾宜兰到花莲一带沿海登陆，然后穿过台湾岛，于29日早晨到中午以台风级在福建连江到龙海一带沿海再次登陆，登陆后强度迅速减弱，于29日夜间移入江西境内，并减弱为热带低压。
会商分析认为，“杜鹃”结构对称、风眼清晰、云系密实，二次登陆福建时强度仍可达台风量级，给福建、浙江、江西、安徽等省带来强风暴雨，其风暴增水及海浪将与天文大潮叠加，可能会给浙闽沿海地区造成严重影响。
陈雷强调，要认真贯彻李克强总理和汪洋副总理重要批示精神，按照国家防总防台风视频会议的部署，着力指导和配合地方做好防汛防台风各项工作，特别是做好人员转移避险、水库安全度汛、山洪灾害防御和城市防洪排涝等工作，最大程度减轻灾害损失。
有关省市认真贯彻落实李克强总理和汪洋副总理重要批示精神，按照国家防总的部署和要求，全力做好“杜鹃”防御工作。福建省委书记尤权作出批示，省长苏树林两次赴省防指检查指导台风防御工作。副省长黄琪玉主持召开全省防台风视频会议，全面部署防台风工作。省防指启动防台风Ⅱ级应急响应，重点对船只回港避风、人员转移避险、海堤巡查抢护、水库防洪调度、山洪灾害防御、城市防洪排涝工作进行部署。截至28日10时，全省应撤离渔船3.21万艘已回港避风2.63万艘，其余船只正在抓紧撤离，17时前将全部返回。海上作业人员、船上老弱病幼、陆地危险区域人员正在抓紧转移。省防指已协调驻闽各部队派出抢险救灾兵力1.1万人，协助开展人员转移及应急抢险等工作。浙江省委书记夏宝龙赴省防指检查指导防台风工作，省长李强对“杜鹃”防御工作提出具体要求。副省长黄旭明主持召开全省防台风工作视频会议，省防指启动防台风Ⅲ级应急响应，按照防台风应急预案有序开展台风防御工作。有关地区迅速行动，温州启动防台风Ⅲ级应急响应，杭州、宁波、台州、舟山、绍兴等市启动Ⅳ级应急响应。截至28日10时，全省共转移8.09万人，受台风影响海域渔船回港2.29万艘。江西省委书记强卫、省长鹿心社作出批示。省防指启动防台风Ⅳ级应急响应，派出2个工作组赴赣州、抚州协助指导防汛防台风工作。安徽防指启动防汛Ⅳ级应急响应，向有关地市发出通知部署强降雨防范工作。上海、江苏等省市防指也发出通知，落实防汛防台风各项措施。太湖防总启动防汛防台风Ⅲ级应急响应、长江防总启动Ⅳ级应急响应，并派出工作组协助地方开展防汛防台风工作。
国家防总派出的6个工作组正在防汛防台风一线协助开展台风防御工作。
