千年的历史积淀，使京都拥有深厚的文化底蕴。
在日本第二组世界遗产系列邮票第三至六套小全张上，展现的都是古京都历史遗址景观，分别发行于2001年6、8、12月和次年2月。京都从公元794年起直至1868年明治维新，一直是日本天皇御所的所在地，全国的政治和文化中心（日本历来不设法定首都，而以天皇所在地为实际的都城）。千年的历史积淀，使京都拥有深厚的文化底蕴。1994年，古京都历史遗址被联合国列为世界文化遗产。
从这些小全张的背景和邮票上，可以看到贺茂别雷神社、贺茂御祖神社、东寺、清水寺、延历寺、醍醐寺、仁和寺、平等院、宇治上神社、高山寺、西芳寺、天龙寺、金阁寺、银阁寺、龙安寺、西本愿寺、二条城等古京都遗存的宗教与城堡建筑及其珍贵文物，极具日本文化特色。日本第二组世界遗产系列邮票中的第七、八套小全张，内容均为古都奈良历史遗址景观，分别发行于2002年6月和7月。
奈良在公元710-794年间曾经是日本天皇御所的所在地，即日本实际上的都城，全国的政治、经济和文化中心。这一时期的日本与中国唐朝的文化交流相当密切，曾六次派出遣唐使，唐代高僧鉴真东渡也发生在这一时期，奈良因此建有诸多佛教寺院和神社。1998年，古都奈良历史遗址被联合国列为世界文化遗产。
在这些小全张的背景和邮票上，就有东大寺、兴福寺、春日大社、元兴寺、药师寺、唐昭提寺、平城宫朱雀门等古都奈良遗存的宗教与宫殿建筑及其珍贵雕像。其中唐昭提寺为鉴真亲自主持兴建于公元759年的千年古刹。在日本第二组世界遗产系列邮票的第九套小全张上，展示了日本中部白川乡和五屹山历史村落景观，发行于2002年9月。
白川乡和五屹山的合掌型木结构民居是日本特有的一种民宅建筑形式，因其人字形屋顶如同双手合十而得名。相传合掌造民宅产生于13世纪，现存多为江户幕府时代中后期所建。那里的历史村落体现了一种与自然生活环境和社会经济环境完美适应的日本传统生活方式，1995年被联合国列为世界文化遗产。从小全张的背景和邮票上，便可见识一下这种日本独一无二的合掌造民宅村落。
