小说以外科医生格列佛的四次出海航行冒险的经历为线索，一共由四部分组成。
第一卷 利立浦特（小人国）
外科医生格列佛随航程途遇险,死里逃生,漂到利立浦特(小人国),被小人捆住献给国王。格列佛温顺的表现逐渐赢得了国王和人民对他的好感,他也渐渐熟悉了小人国的风俗习惯。在格列佛的帮助下，利立浦特国打败了同样是小人国的“不来夫斯古”帝国，但是格列佛不愿灭掉不来夫斯古帝国,使皇帝很不高兴。这时,皇后寝宫失火,格列佛情急生智,撒了一泡尿把火扑灭,谁知却让皇后大为恼火。于是,小人国君臣沆瀣一气准备除掉格列佛。格列佛听到风声,赶快逃出利立浦特，后来来到不来夫斯古帝国,最后平安回到英国。
第二卷：布罗卜丁奈格（大人国，作者原稿中为布罗卜丁赖格）游记
格列佛在利立浦特人的心目中是个庞然大物，但一到布罗卜丁奈格，他就像田间的鼬鼠一般小了。格列佛又一次出海时，遭遇风暴，被刮到了一个陌生的陆地，那里的居民身高犹如铁塔，他被大人国的一位农夫当做玩物带回。为了赚钱，农夫把格列佛当作小玩艺装入手提箱里，带到各城镇表演展览，让他耍把戏，供人观赏。后来，他被皇后买去，得以与国王相助。国王召见他，他慷慨陈词，夸耀自己的祖国的伟大，政治的贤明，法律的公正，然而均一一遭到国王的抨击与驳斥。
格列佛在该国的第三年,陪同国王巡视边疆.由于思乡心切,他假装生病,来到海边呼吸新鲜空气.天空中的鹰错把他住的箱子当成乌龟叼了起来.几只鹰在空中争夺,箱子掉进海里,被路过的一艘船发现,格列佛获救后,乘船回到英国.
第三卷：勒皮他、巴尔尼巴比、拉格奈格、格勒大锥、日本（飞岛国）游记。
在家呆了一段时间,格列佛又随好望号出海.这一次,格列佛所乘的船遭贼船劫持,格列佛侥幸逃脱,被一座叫勒皮他的飞岛救起.这些人的相貌异常,衣饰古怪,整天沉思默想.国王和贵族都住在飞岛上,老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上.格列佛离开飞岛后,来到巴尔尼巴比进行访问,并参观了岛上的拉格多科学院.这所科学院研究的都是些荒诞不经的课题,结果造成全国遍地荒凉,房屋坍塌,人民无衣无食.
接着,格列佛来到巫人岛.岛上的总督精通魔法,能随意召唤任何鬼魂,格列佛因此会见了古代的许多名人,结果发现史书上的记载很多不符合史实,甚至是非颠倒.而后,格列佛又游览了拉格耐格王国,见到一种长生不老人斯特鲁布鲁格.离开该国后,格列佛来到日本,然后乘船回到英国.
第四卷：慧骃国游记。（马国）
格列佛被放逐到慧骃国。这儿马是该国有理性的居民和统治者。而列胡（雅胡、野胡、耶胡、野猢等多种名称是翻译的问题）则是马所豢养和役使的畜生。格列佛的举止言谈在慧骃国的马民看来是一只有理性的列胡。在慧骃各种美德的感化下,格列佛一心想留在慧骃国.然而慧骃国决议要消灭那里的列胡.所以格列佛的愿望无法实现。无奈之下,格列佛只好乘小船离开该国打道回府。格列佛怀着对慧骃国的向往,一辈子与马为友.并且厌弃了世俗，决心不与他人同流合污。将慧骃与列胡作对比，凸显了理智、仁慈、友谊的人性的可贵和贪婪、无信，嫉妒的丑陋。
