在黑格尔看来，哲学是科学，而唯有当它是一个体系的时候才真正称得上是科学。
《哲学全书》是一份未能按照理念的内容予以详尽发挥，而且它的系统推演的发挥也是特别浓缩的教学纲要。
1 逻辑、自然和精神
《哲学全书》分为三大部分：逻辑学、自然哲学和精神哲学。逻辑学是研究理念的自在自为的科学，它讨论的是纯思想规定或范畴；自然哲学是研究理念的异在或外在化的科学，它讨论的是理念外化自身而成为自然亦即理念的外在表现；精神哲学研究的是理念由它的异在返回它自身的科学，它讨论的是理念通过人类精神重新获得自己的形式，从而成为真正的现实的过程。绝对理念在逻辑学中是潜在的，在自然哲学中是异在的，在精神哲学中是现实的。
逻辑学到自然哲学的过渡：从本体论上说，当逻辑理念在“概念论”中达到“绝对理念”时，这个直接的统一性就是一个简单的事实，一个消解了所有间接性的现成的东西，即“自然”。从宇宙论上看，“绝对理念”将其自身作为它自己的反映，自由地外化为自然。他把自然界划分为三个领域：力学、物理学和有机学。
在黑格尔看来，自然界是自我异化的精神，自然不过是绝对的表现。他给自然哲学提出的课题是“扬弃自然和精神的分离，使精神能够认识自己在自然内的本质”。他把考察自然的方式规定为“概念的认识活动”，它是理论态度与实践态度的统一，其目的是把握事物的内在本质。
“自然哲学”以从自然向精神的过渡作为它的终点。精神与自然两者在根本是统一的：精神是自然的本质，自然是精神的异化或表现。自然唯有在精神里才能达到它的目的和真理，精神唯有扬弃并包括自然于其内，方可成为真正的精神。
“精神哲学”是黑格尔哲学全书体系中的最高阶段。它所讨论的精神的发展过程既是人类精神认识绝对的过程，也是绝对成为绝对精神的过程，这两个是同一个过程。“精神哲学”分为三个阶段：主观精神、客观精神和绝对精神。
当精神还只是处在它的尚未展开的概念中，还没有使它的概念成为有客观性的东西的时候，精神就是“主观精神”。主观精神分为灵魂、意识和自我规定着的精神三个环节，其结果是“自由意志”的形成；“客观精神”以自由意志为前提，它是个人之内在精神的外部表现，也就是人类精神所创造的社会、国家、政治法律制度、风俗习惯和伦理道德等等的世界。客观精神的三个发展阶段（精神的表现）是抽象法（抽象的自由）、道德（主观的自由）和伦理（自由的充分体现）；“绝对精神”经过了艺术、宗教和哲学三个阶段。艺术在直接性中把握“绝对”，宗教在表象中把握“绝对”，哲学是前两者的统一，以概念的方式把握“绝对”。
在某种意义上，黑格尔可以看做是历史哲学的创始人之一。从实体即主体的原则出发，黑格尔主张世界历史是一个合理性实现自身而成为现实性的过程，也就是自由成为现实的过程。然而自由只是内在的观念而不是真正的现实，所以必须通过外在的手段加以实现，而驱使人们行动的原动力就是人们的需要、本能和兴趣。于是黑格尔提出了著名的“理性的狡计”理论：就个人的行动而言，需要、本能和兴趣等等是他的直接动力，而观念和原则则是间接的动力。表面看来，每个人都是为自己的需要而行动的，而实际上他们的行动所实现的乃是理性自身的原则。黑格尔看到了个人行动背后的历史动因，表达了历史规律的决定作用。
2 哲学体系
至于哲学体系的开端问题，黑格尔认为哲学没有一般科学意义上的起点，因为它是一个自己证明自己、自己返回自己的“圆圈”。
虽然我们把黑格尔哲学体系的顺序理解为逻辑学、自然哲学、精神哲学，但实际上在黑格尔看来，他的哲学体系不仅这一种排列方式，作为自我运动的“圆圈”，哲学可以从任何地方开始。
《哲学全书》以绝对精神成为真正的现实而告结束，但哲学并不因为认识了绝对精神就停滞不前了，它还在运动着，只不过这种运动与以往不同，它是一种永恒的、无限的运动。
亚里士多德哲学的许多东西得到了黑格尔哲学的充分发挥。古典形而上学史上，亚里士多德与黑格尔形成了两座遥相呼应的里程碑。
