碧云寺位于北京海淀区香山公园北侧，西山余脉聚宝山东麓，是一组布局紧凑、保存完好的园林式寺庙。创建于元至顺二年（1331年），后经明、清扩建，始具今日规模。寺院坐西朝东，依山势而建造。整个寺院布置，以排列在六进院落为主体，南北各配一组院落，院落采用各自封闭建筑手法，层层殿堂依山叠起，三百多级阶梯式地势而形成的特殊布局。因寺院依山势逐渐高起，为不使总体布局景露无遗，故而采用迥旋串连引人入胜的建造形式。每进院落各具特色，给人以层出不穷之感。
碧云寺山门前有石桥一座，紧靠山门是一对石狮子，蹲坐于须弥座上，身躯瘦长，威武如生。石狮为魏忠贤所造，是明代极有艺术性的石雕。山门迎面是哼哈二将殿。殿坐西朝东，面阔三间，歇山灰瓦顶，檐下饰有斗拱。泥质彩塑二将像，分别站立大殿两侧，高约4.8米，形象逼真，色彩鲜明，体态刚劲，是一对价值极高的雕塑艺术品。哼哈二将殿两侧分列钟楼和鼓楼，形成第一进院落。这座院落的正殿是弥勒佛殿，原有四大天王像毁于北洋军阀时期，现殿内只剩下弥勒佛像。殿前设有月台，台上矗立八棱经幢二座，上面遍刻经咒。
碧云寺自元代创建，至今已有六百多年历史。相传此地原为金章宗玩景楼旧址，本名“碧云庵”。明代武宗正德十一年(l5)，以佞幸得宠的御马监太监于经相中了这块风水宝地，利用税收和从皇帝处所得钱财扩建了碧云寺，并立冢域于寺后，又在冢上种植了青松作为死后葬身之所。据说这种做法叫做“青松压顶”，实际上也是墓葬的一种标记。大概是因为有过这样一段历史，当地的人们都把这座寺称为“于公寺”。后来于经下狱庾死，葬身碧云寺的打算也落空。明熹宗天启三年(16)，魏忠贤也看中这块宝地，再度扩建碧云寺，又在于经墓圹屋础上加工扩建，作为自己死后墓地。但五年后魏忠贤也获罪，墓穴遂废。经过这两次扩建，富有明代建筑特点的碧云寺业已成形。到清代，绮丽壮观的碧云寺吸引了清帝王和后妃们。
寺庙大雄宝殿正中供奉释迦牟尼坐像，左有迦叶尊者和文殊菩萨，右有阿难尊者和普贤菩萨。山墙上的壁塑放置姿态各异、形象活泼的彩塑十八罗汉和《西游记》中唐僧取经的神怪故事，云山缥缈的境界，形之于立体雕塑上，增强了立体感与真实感，堪为明代艺术珍品。释迦牟尼塑像后是观音菩萨以及善财、龙王、龙女、韦陀等像，四周衬以观音菩萨悬塑，以及山石云海等，同前殿浑然成为一个整体。
殿后有八角形碑亭，碑亭内立有乾隆御笔亲书石碑，记述了乾隆十二至十四年间重修碧云寺的情况。
第三进院落以菩萨殿为主体，面阔三间，歇山大脊，前出廊，檐下装饰有斗拱，匾额上为乾隆御笔“静演三车”。殿内供奉五尊泥塑彩绘菩萨像，正中为观音菩萨，左为文殊菩萨、大势至菩萨，右为普贤菩萨、地藏菩萨。东西两壁塑有高一米左右二十四诸天神和福、碌、寿、喜四星像。塑像四周也有云山悬塑和小型佛教故事雕塑。院内古树叁天，枝叶繁茂。其中娑罗树最为珍贵，此树原产自印度，树顶像曲伞，枝干盘曲，叶片长圆，形状恰似枣核，每叉有五叶或七叶，故又称为“七叶树”。
水泉院是碧云寺内风景清幽的好去处，院内松柏叁天，最有名的是三代树。这是一株较奇特的古树，柏树中套长柏树，最里层长着一株楝树，现在楝树仍旧活着。院中还有一天然流泉，名“水泉”，又称“卓锡泉”。泉水自石缝中流出，汇而为池，泉水甘甜爽口。泉水旁边是用太湖石堆叠而成的假山。花木、泉水、假山构成了一座优美、幽静的庭院花园。
乾隆十二年(1748年)对碧云寺进行了大规模的修建，在保存原有寺院的基础上，又在寺后墓圹所在地新建金刚宝座塔，在寺右增建罗汉堂，寺左新建行宫院。由于对原有建筑无较大变动，因此该寺建筑和文物基本保留了明代风格。
罗汉堂，有雕像508尊，全系木质雕刻，外覆金箔。罗汉堂顶部正中耸立者象征西方净土的宝塔、楼阁。正门内塑有四大天王，中心为三世佛;四面通道上各立有塑像一尊:东为韦驮，西为弥陀佛，南为地藏菩萨，北为疯僧。疯僧即是传说中的灵隐寺里的嘲讽秦桧的疯和尚。在北面屋梁上蹲着济公。民间传说罗汉堂排位那天，济公很早就来到碧云寺，可大门还没开。适逢一花花公子强抢民女，济公打抱不平救了民女。待济公回到碧云寺，所有座位皆满，就只好把屋梁当座位。罗汉堂里五百罗汉按顺序排列，坐像高约l.5米，身材大小与常人同，姿态各异，形象生动，有的闭目静坐，有的低头微笑，有的袒胸露腹，有的老态龙钟......五百罗汉的形象，可以说是佛教雕塑艺术的集锦。令人深思的是这五百罗汉中竟有乾隆皇帝的塑像，第444尊罗汉“破邪见尊者”，顶盔挂甲，一派英武的戎装打扮，它正是乾隆皇帝的罗汉造像。将皇帝塑成罗汉，大约一方面意在宣扬“君权神授”，另一方面也有歌颂乾隆盛世之意。
塔院位于寺院最后，院内南部有雕工精致的汉白玉石牌坊，牌坊两侧各有八字形石雕照壁，照壁正面刻八个历史人物浮雕，并有题名，左有蔺相如为节，李密为孝，诸葛孔明为忠，陶渊明为廉;右有狄仁杰为孝，文天祥为忠，赵壁为廉，谢玄为节。照壁小额枋刻有八个大字，左为“清诚贯日”，右为“节义凌霄”。
石牌坊后有两个八角形碑亭，南北相对，亭内放乾隆御制金刚宝座塔碑，左亭内为满、蒙文，右亭内为汉、藏文。金刚宝座塔位于全寺最高点，建于乾隆十三年(7748年)。塔仿北京五搭寺形状建造。这种塔北京地区有三座，另两座是西黄寺的清净化城塔和真觉寺的金刚宝座塔。碧云寺金刚宝座塔高347米，分搭基、宝座、塔身三层。塔基呈方形，砖石结构，外以虎皮石包砌，台基两侧有石雕护栏。塔身全部为琢磨过的汉白三石砌成，四边还雕刻有藏传喇嘛教的传统佛像。
券门内登石阶可至最上层宝座顶，宝座上有七座石塔:一座屋形方塔，一座圆形喇嘛搭，其后有五座十三层密檐方塔，中央一大塔，四隅各有一小塔。这是一种独特的建筑形式，是曼陀罗的一种变体。曼陀罗是梵语译音，意为“坛城”，后来演变成象征性图案。按藏传佛教之意，井字中央是须弥山，四周分布水、陆、山、佛。五座佛塔基座均为须弥座，塔肚四面刻佛像。
塔肚之上用十三层相轮组成塔颈，最后为铜质塔刹。塔刹中央铸有八卦，四周垂有花缦。塔刹上端又立小塔，上有“眼光门”，门内有佛。主塔后植有一株苍劲古松。整个金刚宝座塔布满了大小佛像、天王、龙凤狮象和云纹等精致浮雕，皆根据西藏地区传统雕像而刻造。
该寺始建于元朝至顺二年(1331)，元丞相耶律楚材之后裔耶律阿吉舍宅为寺，初名碧云庵，后改碧云寺。明清两代均有扩建。明正德年间太监于径看中了这块风水宝地，大兴土木，为第一次扩建，并在寺后为自己修建坟墓。嘉靖初年于径获罪，不能在此处葬身。天启年间太监魏忠贤又扩建庙宇，再次建坟，准备死后葬此。崇祯初年，魏忠贤自缢后被戮尸，也不能再葬于此。魏忠贤的党羽葛九思，1644年随清军入京，将魏之衣冠葬在墓中，成为魏的衣冠冢。直到康熙四十年(1704)，江南道监察御史奉命巡视西山时，初以为是前朝皇帝陵寝，后来知道是魏坟，遂于五月十二日上奏，二十二日诏平其坟。乾隆十三年(1748)，对寺宇重加修葺，并按西僧所贡奉的图样，建起了金刚宝座塔，同时新建了行宫和罗汉堂，对其他殿宇无大变动。所以寺内殿宇基本是明代结构。 1925年孙中山先生在京逝世后，曾在该寺的后殿停过灵柩，因而此殿后改为中山堂。金刚宝座塔下，成为孙中山衣冠冢。 "文化大革命"期间，寺门内的哼哈二将等塑像被毁。"文革"之后，对该殿进行过重修。1983年将颐和园东门外因拓宽马路而委弃路旁的孙中山画像纪念碑,移建寺内金刚宝座塔前空地上。
