最近粪菌移植治疗便秘、炎性肠病等疾病如火如荼的展开，粪菌移植的神奇疗效让人惊讶，粪菌移植主要在于通过重建新的肠道微生态，实现新的菌群-宿主相互作用以达到治病的目的。目前中国的微生物组计划也在紧锣密鼓的筹备当中，肠道微生态的作用越来越明了，也越来越受到科学家们和医生们的重视，那么肠道微生态究竟是什么？又为何有如此重要的作用？武汉协和医院皮肤性病科冯爱平
正常情况下人身体中寄居着种类繁多微生物，其中大部分是细菌，这些微生物与人体形成了人体的微生态系统。并不是所有细菌都是有害的，实际上大部分细菌为人体正常菌群，人体正常菌群，是指定植于人体表面和与外界相通的腔道粘膜中的细菌。按生存环境分为原籍菌和外籍菌。原籍菌是常住菌，相对固定，伴随终生，密度高，免疫原性低，属于优势菌群。外籍菌是暂住菌，匆匆过客，流动性大，有潜在致病性。这些菌群的存在构成了一个巨大的微生态系统，形成一个动态的平衡，你中有我，我中有你，正常情况下大家互相获利，相安无事。
按照正常菌群在微生态系统中的分布位置不一样，可把人的微生态系统分为以下几类：肠道、口腔、泌尿道、皮肤和呼吸道等5个微生态系统，人体携带的微生物总重量约为1.5-3千克，大约相当于50个鸡蛋的重量，其中肠道占80%，所以肠道微生态系统被称为人体第一大微生态系统。其中结直肠也就是大肠中的微生物含量最多，因而肠道微生态系统主要指大肠中的微生态系统。
肠道微生物中占主要的部分是肠道细菌，占到粪便重量的30-40%。肠道细菌的数量众多，达到百万亿的级别，为人体细胞数量的数十倍，是当之无愧的人体第二基因组。大肠在消化系统中负责吸收水分、无机盐，参与机体对水盐电解质平衡的调节，在其中肠道菌群对消化酶不能降解的纤维素、木聚糖、淀粉等进行发酵，产生短链脂肪酸、血管活性物质及炎性介质等，调节人体消化吸收、人体免疫、炎性反应等，参与调节肠道黏液的分泌等，形成抵抗有害细菌侵袭的屏障，对人体健康具有重要的意义。
肠道菌群中的菌根据对人体的影响可分为三类：
（1）有益菌，是有益于人体健康的一类细菌，包括大家最熟悉的益生菌（乳酸杆菌，双歧杆菌，嗜热链球菌）等，以及科学研究发现的其它对人体健康有利的细菌。它们通常能够产生一些利于人体健康的物质如短链脂肪酸、维生素等，改善肠道环境，维持肠道屏障，调节免疫，抑制有害菌的生长。
（2）中性菌，是肠道环境中存在数量最多的细菌，他们维持着肠道菌群的结构，对人体并无害处。但在人体免疫能力低下的情况下，其中一些被称为机会致病菌的细菌得到大量繁殖的机会，也会对人体健康造成危害，特别是它们通过血液循环扩散到身体的其它部位的情况下。
（3）有害菌，是危害肠道健康的细菌，它们的大量繁殖，会破坏肠道系统的生态平衡，它们还能够分泌各种毒素，引起腹泻、呕吐、便秘等各种病症。肠道中的有害菌通过血液循环到达身体的其它部位，造成一些更严重的感染，甚至危及生命。
因此肠道菌群的状况与健康状态息息相关，当肠道菌群状态良好时，肠道微生态平衡良好，保证肠道有正常的功能，保持身体有个良好的状态，产生正常的免疫反应，而当肠道菌群状态不佳时，肠道微生态发生失调，其中的有害菌产生毒素，可能使人发生腹泻、便秘、免疫紊乱、过敏等诸多问题，牵一发而动全身。
现代科学研究表明癌症如结直肠癌、肥胖、糖尿病、免疫性疾病如炎性肠病、皮肤过敏、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、血管疾病如动脉粥样硬化等和肠道微生态的失调密切相关，肠道微生态的情况可反映人体的健康状态，通过对肠道微生态的检测，可了解人体健康状态，预测相关的疾病风险，同时可以为疾病的治疗提供指导，使疾病的治疗更加具有针对性。
然而现有的检测手段多以细菌培养为主，目前大部分的肠道细菌都不能培养，这无疑为通过肠道菌群检测以了解健康状况和诊断疾病带来了极大的阻碍。
所幸，随着科学技术的进步，检测手段越来越发达，允许我们通过另一种手段-高通量测序，来观测肠道菌群的分布，为人类的健康事业打开了一扇新的窗户。
16S RNA测序通过先进的高通量技术，只需一点点的粪便样本，便可测定肠道中几乎所有菌的分布情况，全面检测肠道菌群，通过科学的比对，可获知肠道菌群的代谢情况，以及人体免疫情况，并可对疾病风险进行预测，与传统的方法相比，快速、方便、准确，获取信息更多，功能更加强大，可以提供非常有针对性的健康及干预建议，更好地维护健康与促进疾病的治疗。
