免疫力来自人体自身的防御机制，是人体识别和消灭外来侵入的异物（病毒、细菌等），处理衰老、损伤、死亡、变性的自身细胞以及识别和处理体内突变细胞和病毒感染细胞的能力。
免疫力，预防疾病肠道是人体最大的非常重要的免疫器官，附着和集合了人体70%以上的免疫功能，产生约80%的抵抗力。
肠道细菌微生物组肠道内聚集着大量的肠道菌群，与肠壁内存在的为数众多、功能强大的免疫细胞，两者以肠粘膜为界，相互作用，相互制约，处于动态平衡。肠道菌群在促进免疫系统发育，维持正常免疫功能，协同拮抗病原菌入侵方面，发挥着重要作用。1． 占位及屏障作用：乳酸菌等有益菌通过粘附素与肠粘膜细胞紧密结合，在肠粘膜表面定植占位，成为生理屏障的主要组成部分，从而达到恢复宿主抵抗力，修复肠道菌群屏障、治愈肠道疾病的作用。有益菌可以产生有机酸，降低肠道PH值，抑制肠道腐败作用，净化肠道环境，如：双歧杆菌细胞能吸附食物中的致癌物和突变物质，调节菌群抑制有害群生长，从而减少肠源性致癌物的产生。
肠道细菌微生物组如果这个屏障遭到抗生素或其他因素的破坏，宿土丧失了对外来菌抵抗力，会使具有耐药性的肠内菌异常增殖而取代优势菌的位置，造成肠道内微生态平衡的失调。2． 对免疫细胞的激活和促进作用：乳酸菌、双歧杆菌等有益菌可以说是巨噬细胞、nk细胞这些人体免疫细胞的“兴奋剂”，口服乳酸菌后，对巨噬细胞的半乳糖甙酶活性、巨噬细胞的吞噬活性等具有显著的激活和促进作用。用以消灭体内的有害菌和癌细胞。它们还能刺激腹膜巨噬细胞、诱导产生干扰素、促进细胞分裂、产生抗体及促进细胞免疫等，所以能增强机体的非特异性和特异性免疫反应，提高机体的抗病能力。
T 细胞和 B 细胞在免疫系统异物侵入机体时，免疫细胞被乳酸菌、双歧杆菌等有益菌激活，增强了机体对异物产生抗体的作用。双歧杆菌还可以诱导癌细胞凋亡；双歧杆菌可以将结合的胆酸分解为游离的肌酸，后者的抑菌作用比前者更强。
益生菌乳酸菌唾液乳杆菌可以刺激免疫系统，激发可调节过敏反应中的Th1型免疫反应来平衡过敏所引发的T h2型免疫反应从而达到改善过敏体质的作用。乳酸菌抗菌机制主要表现在以下几个方面：①产生的乳酸等有机酸能显著降低环境pH值和Eh(氧化还原电位)值，使肠内处于酸性环境，对于致病菌如痢疾杆菌、伤寒杆菌、副伤寒杆菌、弯曲杆菌、葡萄球菌等有拮抗作用；②产生的过氧化氢能够激活牛乳中的“过氧化氢酶-硫氰酸”系统，抑制和杀灭革兰氏阴性菌、过氧化氢酶阳性细菌如假单胞菌属、大肠杆菌类和沙门氏菌属等；③产生类似细菌素的细小蛋白质或肽类（抗菌肽），如各种乳酸杆菌素和双歧菌素，对葡萄球菌、梭状芽孢杆阔以及沙门氏菌和志贺氏菌有拮抗作用。因此，可用于防治腹泻、下痢、肠炎、便秘和由于肠道功能紊乱引起的多种疾病以及皮肤炎症
研究表明，肠道菌群的组成和多样性将会影响免疫力。
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肠道中的菌群多样性越高，抵抗外部有害物质入侵的能力就越强，增加肠道菌群多样性，可以帮助提高人体免疫力。
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