说洪秀全在天王府中豢养三千佳丽纯属无稽之谈，据被俘后的幼天王洪天贵福供述，老天王有王娘88人，这其中还有一位是虚无缥缈的上帝之女，称为正月宫。所以，洪秀全实际妃嫔人数是87人。由于天王府中没有太监，诸王女眷在天王府中供职的有一千余人，她们在天王府中属于工作上班的性质。
太平天国实行的是“军师负责制”，主（天王）是国家元首、宗教领袖，只临朝不理政。一应军政要务统统由正军师杨秀清一手执掌，洪秀全只是按照惯例对杨秀清所拟定的各项政策颁诏实施。这种“一国二主”的设计加上杨秀清又拥有“代天父传言”的特权，因而目空一切，嚣张跋扈。以至于“天下只知有东王”，民间谣传天王已死，天王府中只不过供奉了一具雕像而已。那么，洪秀全不问朝政，都是由谁在领导太平天国对抗清廷长达呢？
1851——1856年
这段时期由东王杨秀清领导。
杨秀清是最早加入拜上帝教的教众之一，烧炭工出身，满腹韬略且野心勃勃。1847年，冯云山被当地士绅王作新率地主团练捉拿，下入桂平监狱。洪秀全闻讯逃往广东，拜上帝教群龙无首、人心惶惶，面临崩溃解散的危急关头，杨秀清假扮“神灵附体”，代天父传达圣旨，稳定了局势。
杨秀清又让教众捐献“科炭钱”，贿赂桂平官吏，将冯云山营救出狱。洪秀全、冯云山返回拜上帝教总坛后，承认了杨秀清“代天父传言”的特权，从而跻身领导层。金田起义时，杨秀清展现出卓越的军事才能。
洪秀全先后封他为中军主将，东王九千岁，左辅正军师等职，使杨秀清成为仅次于洪秀全的第二把手，领导和指挥太平军四处征战，对抗清廷。杨秀清确实才能卓着，将天国上下治理得井井有条。李秀成在自述中说“东王佐政事，事事严整，民心佩服”。直到1856年9月，杨秀清在天京事变中被杀。
1856——1857年
这段时期由翼王石达开领导。在天京事变中，东王杨秀清、北王韦昌辉、燕王秦日纲先后被杀，太平天国陷入人才凋零，风雨飘摇的险境。1856年11月，洪秀全迎翼王石达开回京提理政务，封其为通军主将。
洪秀全怕石达开独揽大权，成为第二个杨秀清。于是封长兄洪仁发为安王，次兄洪仁达为福王，与石达开共理朝政。安福二王对石达开处处钳制，事事掣肘，为避免再次讧，1857年6月石达开负气出走，率部远征。洪秀全见势不妙，废除二王，派人携带“义王”金牌极力挽留，遭石达开严词拒绝。
1857——1859年
这段时期表面上由蒙得恩领导，实际由洪秀全暗中操纵。1857年10月，石达开率部自安庆出发，开始远征。洪秀全任命亲信蒙得恩为正掌率，陈玉成为又正掌率，李秀成为副掌率。
又恢复了早期的五军主将制度，封蒙得恩为中军主将，陈玉成为前军主将，李秀成为后军主将，李世贤为左军主将，韦志俊为右军主将。由于有陈玉成和李秀成两位年轻将领加入领导层，太平天国再度焕发生机。陈玉成和李秀成合力，取得三河大捷、二破江北、江南大营的胜利。
1859——1861年
这段时期由干王洪仁领导。1859年5月，洪秀全封刚刚到达天京不足一月的族弟洪仁为干王，总理朝政。为平息众怒，洪秀全封陈玉成为英王、李秀成为忠王、蒙得恩为赞王、李世贤为侍王、杨辅清为辅王。
1859年5月，太平军东征苏州、常州，取得重大胜利。与此同时，军事重镇安庆被湘军围困，形势危急。洪仁召集众将，订下南北两路大军大举西征，攻取武昌，以解安庆之围。由于种种原因，攻取武昌的计划失败。1861年9月5日，安庆失陷。洪秀全将援救安庆不力的洪仁、陈玉成双双革职。
1861——1864年
这段时期政务由洪仁发、洪仁达处理，军事上由陈玉成、李秀成主持。洪仁、陈玉成被革职后，朝政大权落入洪仁发、洪仁达等洪氏亲贵手中。1862年5月，陈玉成被害之后，军事上由李秀成主持。太平天国由此开始了史无前例的滥封王时期，诸王部将、广西出来的老兄弟俱封王爵，后来甚至连掌管天王府钥匙的70岁老头也封王爵，前后封王者多达2700余人。
1862年5月，湘军扎营雨花台，开始围困天京。10月，李秀成率领30万大军解天京之围，激战46天，始终无法取胜。自此，太平天国大势已去，只能苟延残喘，等待末日的到来。1864年7月19日，天京被湘军攻陷，标志着太平天国彻底覆灭。
