栖霞寺位于江苏省南京市东北二十余公里处的栖霞山（原名“摄山”）上，是江南三论宗祖庭。
栖霞寺始建于南齐永明七年（489年）。南朝刘宋泰始年间（465—471年），山东平原鬲县（今山东德州市东南）居士明僧绍曾经在栖霞山结庐隐居，“抗迹人外”“不事人世”20余年。刘宋末年，名僧法度禅师来到南朝都城建康，并赴栖霞山讲授《无量寿经》。法度禅师深通佛理，持律精严，“备综众经，而专以苦节成务”。所以，明僧绍待之以师礼，密切交往。
南齐永明七年（489年）正月，明僧绍舍宅为寺，供法度禅师居住，并称之为“栖霞精舍”，“栖霞寺”由此创立。
历史上，栖霞寺几易其名。南齐永明时期初建时称“栖霞精舍”，唐时易名“功德寺”，南唐时改寺额为“妙因寺”，宋太平兴国五年（980年）改称“普三寺”，宋景德四年（1007年）改称“栖霞寺”，后又更名“崇报寺”“虎穴寺”。明太祖洪武二十五年（1392年），朱元璋敕书“栖霞寺”并一直沿用至今。
南朝时期，王公贵族大都崇信佛教，对栖霞寺大加营建，他们集资开凿了石窟“千佛崖”，内雕刻有大小佛像999尊，最高达两米。栖霞寺由此成为“南朝四百八十寺”中最著名的寺院。梁元帝萧绎曾经撰写《摄山栖霞寺碑铭》将栖霞寺描摹得如同化外仙境一般。
梁代武帝期间，辽东名僧僧朗法师研究“三论”及《华严经》尤深，曾经驻锡栖霞寺师事度法，弘扬“三论”，深受梁武帝器重。后来，其弟子僧诠、嗣孙慧布继续住持栖霞寺，“三论”佛法由此隆盛并创立“三论宗”法派。由此，僧朗被后人尊称为“三论宗初祖”，栖霞寺也被尊为“三论宗祖庭”。
隋朝文帝杨坚于仁寿元年（601年）六月颁布《舍利子诏》“分道送舍利，先往蒋州栖霞寺，及三十州次五十三州等起塔”。于是，栖霞寺便建立了留存于今、全国仅存不多的舍利石塔，并成为当时舍利塔之首。
唐代高祖李渊曾经将栖霞寺更名为“功德寺”，建梵宫殿宇49所。唐代高宗李治于上元三年（676年）将该寺更名为“隐君栖霞寺”立御制“明征君碑”以表彰当年明僧绍舍宅建寺之功。唐代“会昌法难”隐君栖霞寺遭毁。唐宣宗大中五年（851年），栖霞寺被重建于原址。
中唐时期栖霞寺更名为“妙因寺”并重建舍利塔。北宋太平兴国五年（980年）更名为“普云寺”。宋代真宗景德年间（1004007年）改称“栖霞禅寺”，后来一度更名为“严因崇报禅寺”“景德栖霞寺”“虎穴寺”等。明代洪武二十五年（1392年），太祖朱元璋敕赐寺名“栖霞寺”，一直沿用至今。
栖霞寺占地40余亩，有山门、天王殿、毗卢殿、藏经楼等大小殿堂几十所，珍藏有《大藏经》7000余卷，另有各种书籍14000余册。寺外右侧是舍利塔，始建于隋文帝仁寿元年（601年），后唐时重建。舍利塔用白石砌成，八角五级高约15米，须弥座以五层密檐式塔室构成。全塔结构精巧雕刻华丽，人物细致栩栩如生，堪称国内古代舍利塔精品。从舍利塔往东便是千佛岩，遍山岩石上大小石窟近百个，内有不等大小佛像500余尊，最大佛像为高约10米的无量寿佛，左右两侧为观音、大势至菩萨立像。
目前，栖霞寺设有中国佛学院栖霞山分院，分院是我国佛教教育基地之一。
