1854年初，曾国藩的军队在长江中游地区与太平军迎面相撞。太平军曾经发起过一次声势浩大的西征，成功地攻占了南京上游的大部分沿江重要城市。由于北伐失败，湖北、安徽、江西和江苏等省这时成了太平天国军事行动的广阔战场。叛军的战略意图是确保南京的水道交通和占据它周围的农业地区。几支湘军在湘潭的关键之战(1854年5月1日)中击退了太平军对湖南的入侵，而曾国藩的水师则扬帆前进，向太平军控制的江河湖泊发出挑战。
但太平军才干出众的翼王石达开在水陆两路都曾多次重创曾国藩，使反叛者于1856年中在军事上处于极盛时期。太平军在长江流域占据了西起武昌东到镇江一线的许多战略城市，他们对水道的控制由于曾国藩的大部分船队在鄱阳湖被围而更有了保障。石达开的军团征服了江西大部分富庶的府县。太平天国最后一次军事胜仗的消息是 1856年6月在南京城外对清军的大捷，清军统帅向荣就在是役之后不久死去。
作为一个新皇朝，太平天国在巩固其统治的过程中遇到了难题。在对儒教的既成体制进行了殊死的挑战以后，它不得不建立自己的各级社会机构。它在宣传激进的空想主义社会纲领以后，此时不得不使理论迎合现实。1856 年是太平军胜利与危机纷呈的一年，它所特有的一些制度即于这一 年诞生。
太平天国官僚政治的特征体现在两个相互抵触的原则中：一方面全部重要职位都由广西帮控制，另一方面通过传统的科举制度广泛寻求新兴文士的支持。太平天国的文官考试在定都南京后即行开始，在整个统治期间未曾中断。考试形式在许多方面与清制相同，定期在地方和京城举行考试。
但是内容包括基督教的主旨和对太平军领袖的颂词；此外，考试的社会基础比较广泛。投考者的背景完全无需考虑，这表明太平天国渴求才智之士以及他们在放宽参与政治生活方面所作的努力。考试似乎相当容易被通过。1854 年在湖北省举行的一次考试中，投考者不到1000人竟出了八百多名举人，同年在安徽的考试中，仅一个县就出了30名举人。
尽管太平天国明显的大力争取正统的优秀人物，然而应试的文士还是寥寥无几。投考者的社会出身似乎很庞杂，有以前的僧侣、占卜者和其他一些从事为新政权所取缔的“迷信”职业的文人。太平军占领区的文人经常被责成参加考试，违者处死，但他们的热情一直不高。偶尔被迫的应试学子宁可在试卷写上嬉笑怒骂之词而以身殉旧传统。
一个仍未解决的问题是，考试制度对确立太平天国官僚政治的实际贡献究竟如何。不过有证据表明，重武轻文，战略形势变幻不定，以及太平军历来对乡土和宗教资格的重视：所有这些都意味着文官考试没有起过重大作用。不过，在作为宣传手段和正统的象征方面，太平天国的考试制度是不应被忽视的。
太平天国的官制本身由王、侯两级世袭贵族以及十一个等级的官员构成。在这十一个等级中，前六等官职名称可在历代王朝的历史中找到，虽则它们一般表示等级而非具体职能。后五等则与军事指挥或地方政府的某些较为具体的职能有关。由于在太平天国的空想模式《周礼》中不存在文、武之分，因而任何一级官员都既可被委任为文官，也可去充任军队指挥。
在这种等级森严的统治集团内，实际权力中心是各个王的行政幕僚班子。每个王都在其随从人员中设置一个机要机构，内分六个传统的施政部门(相当于“六部”)。不过，由于东王杨秀清僭取了总理军政两方面的权力，他的机要班子到1856年在整个太平天国官僚体制中曾经起着中枢协调的作用，所以各王自立班子的情况并没有引起行政上的完全混乱。
太平天国的地方政府建制仍以清朝旧时的府县区划为基础，而在县以下则以《天朝田亩制度》为基础，即规定以25家为一“两”到13156家为一“军”，各单位等级森然。府县官员的职能与他们所取代的清朝官员的职能相似。至于太平天国县级以下编制的实际情况，其材料是零散的，也往往自相矛盾.但是有两种需要考虑的情况，都表明太平天国地方控制的脆弱性。
第一，太平天国制度具有与清制相同的缺陷，即正规地方官员稀稀拉拉地分散在各地。跟清制一样，朝廷命官仅到县级， 县以下的所有职位都由当地提名地方人士充任。因此对太平天国的社会改组如此重要的地方政府基层结构，便由一些往往充其量仅对政权纲领承担有限义务的人去填补。
与此有关，第二个缺陷是太平军发现，很难把他们那些人为的、不可胜数的小部门强加于原有的地方组织身上，而且往往发现只不过给现存结构(例如传统的“乡”、现存的“保甲"或“里甲”一类居民单位)换个新名称而已。这意味着在太平军占领区，这些单位的头头有时就是在旧政权下把持村社事务的那些人，因此很难出现一种或者有利于巩固地方控制，或者有利于真正改造地方社会的形势。
太平天国在征服地区实施的土地政策，总的表明了对农村的控制是脆弱无力的。应当认为，这是急需财政收人，缺乏可靠骨干从而必须使农村社会关系基本不受扰乱的结果。实行激进的士地政策是需要时间和安全保证的，这两者太平天国从来都不具备，所以一旦实行，就不可避免地要造成生产和岁人的暂时下降。
《天朝田亩制度》干脆删除了定期重分土地的规定，这样就暗示了已经重新分配的土地可以成为耕作者的财产。实际上，太平天国的土地纲领既不是国家所有制的纲领，也不是耕者有其田的纲领。虽然中国的历史学家对这一点仍有很多争论，但大量的证据表明，在太平天国占领的大部分地区，地主和佃户的关系始终存在。尽管与地主和解的趋势在运动后来年代中才似乎更为明显，但是有迹象表明它在此以前也是存在的。
如果说在某些地区太平天国曾试图把所有权授予佃户，那么，主要的考虑似乎也是出于在地主逃走之后向原佃户征税的需要。太平天国的赋税手续很快发展起来，不再实行通常作为他们侵入一一个地区的标志的那一套没收 和勒索的粗暴做法，除了税额稍轻以外，田赋制度经过系统化，与清制区别不大。
